Cette tour, carrée et en schiste, a été reconstruite en 1758-1760 sur ordre de Pasquale Paoli sur le site d’un ancien château médiéval (branche de la famille Gentille de Nonza) attribué au XIe siècle. R. Boinard indique « de celui-ci il reste fort peu de choses : deux citernes, (une) est encore bien reconnaissable, quant à l’autre, dont le fond en mortier de tuileaux rose était visible jusqu’à ces dernières années, au pied de la tour récente, on ne la devine plus guère ». La forteresse, les remparts les maisons de Borgo vecchio puis le château sont détruits en 1489 sur ordre du gouverneur Gaspard de Santo Petro. Elle est réhabilitée par les Génois durant la première moitié du XVIe siècle pour la surveillance des embarcations musulmanes. Elle est intégrée à un système de stratégie d’implantation des tours littorales du Cap Corse et de mise en réseau militaire. Jusqu’en 1625, le château fut la résidence des Gentile. En 1748, Marie De Cursay, maréchal des armées du roi, commandant des troupes françaises en Corse, met en place à Nonza une garnison d’une soixantaine de français et deux compagnies de volontaires corses. Quelques années plus tard, lors de sa visite du Cap Corse, le général Paoli comprit rapidement l’importance de l’implantation de Nonza afin de surveiller l’entrée du golfe de Saint Florent. Il y fit édifier la tour actuelle entre 1758 et 1760 et y siégea à la tête de deux cents volontaires corses.
Cette tour, aux multiples facettes historiques, impose son rôle militaire durant plus de 800 ans. Sa fonction alterne entre tour seigneuriale, marque de pouvoir, tour littorale, marque de protection, et tour symbolique, marque identitaire politique.
Le diagnostic architectural réalisé en 2018 par l’atelier ARC dans le cadre de la maîtrise d’œuvre pour la conservation-restauration et mise en valeur de la tour de Nonza montre l’imbrication de nombreuses strates historiques au niveau du couronnement et confirme les rares données archivistiques. Le premier stade renvoie à la construction d’une tour carrée à créneaux avec mâchicoulis et une guardiola d’origine. Lors de la deuxième phase deux autres consoles d’angles ont été rajoutées: une autre est confirmée ornementale, l’autre pourrait néanmoins être la restitution d’une seconde originelle disparue. Des canonnières sont ajoutées à la troisième phase. Il s’ensuit un effondrement et une reconstruction « simplifiée » de l’angle nord-est. Enfin, la dernière phase voit la construction récente d’une guardiola tournée vers l’intérieur des terres et du parapet dans la seconde moitié du XXe siècle. La consultation de la documentation iconographique atteste l’absence de cet édicule confirmant l’hypothèse d’un rajout ornemental. Parallèlement, l’étude architecturale révèle la présence d’enduits sous les consoles.
Deux actes de bravoures sont liés à ce lieu. Le premier se passe en 1731. Suite à la révolte des Corses, Gênes avait envoyé des mercenaires allemands afin de rétablir l’ordre dans l’île. Les insurgés firent appel aux exilés. L’un d’entre eux, Félicien Leoni natif de Balagne mais au service de Naples, débarqua à Saint Florent. Le hasard fit que son vieux père passait avec une troupe pour aller attaquer la tour de Nonza (du moins l’édifice antérieur). Les effusions des retrouvailles passées, le père demande au fils de prendre la tête de la petite troupe. Le fils part sur le champ pendant que le père reste à Saint Florent attendant l’issue du combat. Le fils prit la tour mais vers la fin du combat une balle tua le jeune homme. On courut apprendre la nouvelle au vieillard. Quand ce dernier vit le messager, il lui posa la question sur le résultat de l’expédition ; la réponse fut « Triste, ton fils est mort », « Mais la tour est-elle prise ? », « Oui elle l’est », alors le vieil homme s’écria « Eh bien, vive la patrie ! ».
Le deuxième fut plus cocasse. En 1768, la France intervient pour réduire définitivement au silence l’indépendance de l’île. Les quelques miliciens qui défendent la tour, préfèrent abandonner le lieu quand se présentent devant la tour le général Grandmaison et sa troupe. Seul le dénommé Jacques Casella resta pour assurer la défense du monument. Il faut dire que ce dernier étant infirme, il avait pris cette décision afin de ne pas freiner la retraite de ses compagnons d’arme. L’homme grâce à un ingénieux système, réussit à faire tirer les fusils et un canon en même temps, faisant croire au général français à la présence d’une forte troupe décidée à vendre chèrement sa peau. Le général parlemente, Casella pose ses conditions, demandant à ce que la garnison puisse partir avec toutes les armes et en recevant les honneurs militaires. Le général trouvant là une solution élégante pour se rendre maître de l’édifice sans effusion de sang accepte toutes les conditions. Ainsi, au milieu des soldats français au garde à vous la garnison de la tour composée d’un seul homme, boiteux, franchit le seuil de l’édifice. Lorsque l’officier français lui demanda où était le reste de sa troupe, il répondit fièrement « La voilà toute en moi ». Grandmaison, séduit par le subterfuge, fit conduire ce soldat jusqu’à Murato qui était le quartier général de Paoli.